THU THẬP VÀ TỔ CHỨC DỮ LIỆU GENE PHỤC VỤ NGHIÊN CỨU CÂY TRỒNG BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN

Mục lục:
PHẦN A: GIỚI THIỆU ................................................................................................... 1
I. Đặt vấn đề ................................................................................................................. 1
II. Mục đích của đề tài .................................................................................................. 2
III. Yêu cầu của đề tài .................................................................................................... 2
IV. Các giai đoạn tiến hành .............................................................................................. 3
V. Giới hạn .................................................................................................................... 3
PHẦN B: TỔNG QUAN TÀI LIỆU ............................................................................... 4
I. GIỚI THIỆU VỀ SINH HỌC .................................................................................... 4
I.1. Cơ sở sinh học về gene ........................................................................................ 4
I.1.1. Thuật ngữ và quan niệm về gene ................................................................ 4
I.1.2. DNA ở các sinh vật khác nhau .................................................................... 5
I.1.2.1. Sự khác nhau giữa các phân tử DNA ................................................. 5
I.1.2.2. Cấu trúc acid nucleic .......................................................................... 6
I.1.3 Mã di truyền ................................................................................................. 8
I.1.3.1. Thuật ngữ ............................................................................................ 8
I.1.3.2. Từ điển mã di truyền ........................................................................... 8
I.1.3.3. Ba đặc tính quan trọng của mã di truyền ............................................ 10
I.1.4 Cấu trúc căn bản của một gene eukaryote .................................................... 12
I.2. Cơ sở sinh học về chuyển gene ............................................................................ 13
I.2.1. Các vấn đề chủ yếu trong việc cải biến di truyền ...................................... 14
I.2.2. Các phƣơng pháp chuyển gene ................................................................... 14
I.2.3. Những khó khăn trong chuyển gene ........................................................... 17
I.2.4. Sản phẩm của kỹ thuật di truyền ................................................................. 18
I.2.5. Tiềm năng của chuyển gene ........................................................................ 19
I.2.5.1. Các chức năng mới trong cải biến di truyền thực vật ......................... 19
I.2.5.2. Các tính trạng mới (News traits)......................................................... 20
I.2.5.3. Sự biểu hiện gene ................................................................................ 21
I.2.6. Locus chuyển gene ...................................................................................... 22
I.3. Hiện trạng sản xuất cây trồng chuyển gene trên thế giới .................................... 24
II. GIỚI THIỆU VỀ BIOINFORMATICS ..................................................................... 28
II.1. Khái niệm về Bioinformatics .............................................................................. 28
II.2. Vài nét về các cơ sở dữ liệu Sinh học ................................................................ 29
II.2.1. NCBI ......................................................................................................... 29
II.2.2. EMBL......................................................................................................... 29
II.2.3. DDBJ .......................................................................................................... 30
II.3. Vài công cụ Bioinformatics hiện nay ................................................................. 31
II.3.1. Readseq ...................................................................................................... 31
II.3.2. BLAST ....................................................................................................... 31
II.3.3. BLAT ......................................................................................................... 32
II.3.4. ClustalW..................................................................................................... 32
II.3.5. HMMER..................................................................................................... 32
II.3.6. MEME/MAST ........................................................................................... 33
II.3.7. EMBOSS .................................................................................................... 33
II.4. Ngôn ngữ dùng trong Bioinformatics................................................................. 34
III. CƠ SỞ TIN HỌC CHO VIỆC XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU TRÌNH TỰ ........... 35
III.1. Khái niệm về lập trình ....................................................................................... 35
III.2. Ngôn ngữ Perl dùnh trong Bioinformatics ........................................................ 39
III.2.1. Giới thiệu Perl ........................................................................................... 39
III.2.2. Thành phần cơ bản trong Perl ................................................................... 39
III.3. Công nghệ Java ứng dụng trong công việc xử lý dữ liệu Bioinformatics ........ 50
III.3.1. Biojava ...................................................................................................... 50
III.3.2. Biojava và CSDL ...................................................................................... 50
III.3.3. Tổng quan về công nghệ servlet cho các ứng dụng trên Web .................. 51
III.3.4. Chức năng cơ bản của servlet ................................................................... 52
III.3.5. Thuận lợi của servlet so với các công nghệ thiết kế web khác ................ 53
III.3.6. Sự xây dựng ứng dụng servlet .................................................................. 55
PHẦN C: PHƢƠNG TIỆN VÀ PHƢƠNG PHÁP TIẾN HÀNH ................................ 57
I. PHƢƠNG TIỆN ........................................................................................................ 57
I.1. Thiết bị ................................................................................................................. 57
I.2. Thời gian và địa điểm xây dựng CSDL ............................................................... 57
II. TÌM KIẾM DỮ LIỆU BÀI BÁO .............................................................................. 58
II.1. Tìm kiếm tổng hợp tính trạng ............................................................................. 58
II.2. Tổng hợp dữ liệu Primer dùng trong phát hiện GMO ........................................ 64
III. TÌM KIẾM DỮ LIỆU TRÌNH TỰ ............................................................................ 66
III.1. Tìm kiếm trình tự bằng Keyword ...................................................................... 66
III.2. Tìm kiếm trình tự bằng Primer .......................................................................... 70
PHẦN D: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ....................................................................... 82
I. Kết quả thu đƣợc từ quá trình tìm kiếm ấn phẩm khoa học ...................................... 82
II. Kết quả thu đƣợc từ quá trình tìm kiếm trình tự trên NCBI ...................................... 82
II.1. Kết quả tìm kiếm trình tự bằng keyword ............................................................ 83
II.2. Kết quả tìm kiếm trình tự bằng Primer ............................................................... 84
II.3. Dùng Perl xử lý kết quả thu đƣợc ....................................................................... 85
II.3.1. Loại bỏ trùng lắp dữ liệu, tổng hợp danh sách tổng hợp ........................... 85
II.3.2. Tải trình tự ................................................................................................. 90
III. Các kết quả thu đƣợc từ quá trình tải trình tự từ Genbank ........................................ 92
IV. Tổ chức dữ liệu .......................................................................................................... 93
IV.1. Cách thức tổ chức dữ liệu ................................................................................. 93
IV.2. Tiến hành tổ chức, phân loại dữ liệu ................................................................. 94
V. Java xử lý dữ liệu ....................................................................................................... 98
V.1. Các yêu cầu đặt ra .............................................................................................. 98
V.2. Xử lý yêu cầu bằng Java và Biojava .................................................................. 99
V.3. Thiết kế giao diện ............................................................................................... 101
V.4. Lập trình hiển thị giao diện sử dụng .................................................................. 104
VI. Kết quả giao diện tìm kiếm với dữ liệu tập hợp đƣợc .............................................. 108
PHẦN E: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ............................................................................. 118
I. Kết luận ...................................................................................................................... 118
II. Đề nghị ....................................................................................................................... 119
TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................................ 121

Địa chỉ download tài liệu: [You must be registered and logged in to see this link.]