Mục lục:
CHƯƠNG
I: GIỚI THIỆU............................................................................................ 1
1.1.
Đặt vấn đề................................................................................................................ 1
1.2.
Mục tiêu và yêu cầu............................................................................................... 2
1.2.1.
Mục tiêu............................................................................................................. 2
1.2.2.
Yêu cầu ............................................................................................................. 2
1.3.
Giới hạn khóa luận ................................................................................................ 2
CHƯƠNG
II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU..................................................................... 3
2.1.
Giới thiệu về cây điều ........................................................................................... 3
2.1.1.
Nguồn gốc ........................................................................................................ 3
2.1.2.
Đặc điểm hình thái........................................................................................... 4
2.1.2.1.
Thân và cành............................................................................................... 4
2.1.2.2.
Rễ ................................................................................................................. 4
2.1.2.3.
Lá và tán lá ................................................................................................. 4
2.1.2.4.
Hoa............................................................................................................... 4
2.1.2.5.
Hạt và quả điều .......................................................................................... 6
2.1.3.
Đặc điểm sinh thái .......................................................................................... 6
2.1.3.1.
Điều kiện khí hậu ...................................................................................... 6
2.1.3.2.
Điều kiện đất đai ....................................................................................... 8
2.1.4.
Sự phân bố ........................................................................................................ 9
2.1.4.1.
Vùng trồng điều ưu tiên I ......................................................................... 9
2.1.4.2.
Vùng trồng điều ưu tiên II ........................................................................ 9
2.1.4.3.
Vùng trồng điều ưu tiên III ...................................................................... 9
2.1.5.
Đa dạng sinh học cây điều ............................................................................. 9
2.1.5.1.
Xét về hình dạng cây ................................................................................ 10
2.1.5.2.
Xét về màu sắc lá ...................................................................................... 10
2.1.5.3.
Xét về hoa .................................................................................................. 10
2.1.5.4.
Xét về trái ................................................................................................... 10
2.1.5.5.
Xét về hạt và năng suất hạt ...................................................................... 11
2.2.
Các phương pháp nghiên cứu tính đa dạng di truyền ....................................... 11
2.2.1.
Thông tin di truyền .......................................................................................... 11
2.2.2.
Phương pháp chiết tách DNA ........................................................................ 12
2.2.3.
Các marker phân tử dùng trong nghiên cứu đa dạng di truyền ................ 13
2.2.3.1.
RFLP............................................................................................................. 13
2.2.3.2.
PCR .............................................................................................................. 14
2.2.3.3.
SSCP ............................................................................................................ 16
2.2.3.4.
Microsatellite ............................................................................................. 17
2.2.3.5.
RAPD .......................................................................................................... 18
2.2.3.6.
AFLP ........................................................................................................... 19
2.3.
Các nghiên cứu trong và ngoài nước................................................................... 24
2.3.1.
Các nghiên cứu ngoài nước............................................................................. 24
2.3.2.
Các nghiên cứu trong nước............................................................................. 24
CHƯƠNG
III: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................ 25
3.1.
Thời gian và địa điểm ........................................................................................... 25
3.1.1.
Thời gian ........................................................................................................... 25
3.1.2.
Địa điểm ........................................................................................................... 25
3.2.Vật
liệu ..................................................................................................................... 25
3.2.1.
Các mẫu điều thí nghiệm ................................................................................ 25
3.2.2.
Hóa chất thí nghiệm ........................................................................................ 25
3.2.2.1.
Hóa chất dùng trong ly trích DNA........................................................... 25
3.2.2.2.
Hóa chất dùng trong kiểm tra định lượng DNA..................................... 26
3.2.2.3.
Hóa chất dùng để chạy RAPD ................................................................. 26
3.2.2.4.
Hóa chất dùng trong điện di và đọc kết quả .......................................... 26
3.2.2.5.
Hóa chất dùng để chạy AFLP .................................................................. 26
3.2.2.6.
Hóa chất dùng để đọc kết quả AFLP ...................................................... 26
3.2.3.
Trang thiết bị thí nghiệm ................................................................................ 26
3.3.
Phương pháp nghiên cứu ...................................................................................... 27
3.3.1.
Phương pháp ly trích DNA ............................................................................. 27
3.3.1.1.
Quy trình ly trích ....................................................................................... 27
3.3.1.2.
Định tính DNA bằng phương pháp điện di ............................................ 27
3.3.1.3.
Định lượng DNA bằng quang phổ kế ..................................................... 28
3.3.2.
Chạy RAPD ...................................................................................................... 29
3.3.2.1.
Primer .......................................................................................................... 29
3.3.2.2.
Bố trí thí nghiệm ........................................................................................ 29
3.3.3.
Chạy AFLP ....................................................................................................... 33
3.3.3.1.
Cắt thử DNA (300 ng) và chạy kiểm tra trên gel agarose 1,5% .......... 33
3.3.3.2.
Chuẩn bị hỗn hợp enzyme ....................................................................... 33
3.3.3.3.
Thực hiện phản ứng cắt và gắn ................................................................ 33
3.3.3.4. Nhân bản tiền chọn lọc ............................................................................ 34
3.3.3.5. Nhân bản chọn lọc .................................................................................... 34
3.3.4.
Phân tích kết quả bằng phần mềm NTSYS .................................................. 35
CHƯƠNG IV:
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ............................................................ 36
4.1.
Thu thập mẫu tại các vùng trồng điều thuộc tỉnh Ninh Thuận........................ 36
4.2.
Hoàn thiện quy trình ly trích DNA ...................................................................... 36
4.3.
Xác định quy trình RAPD – PCR và đánh giá mức độ đa dạng di truyền
của
quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận.................................... 39
4.3.1. Thí nghiệm 1: Khảo sát quy trình RAPD – PCR
của Samal
và ctv (2003)............................................................................... 39
4.3.2. Thí nghiệm 2: Khảo sát ảnh hưởng của yếu tố chu kỳ đến phản
ứng
RAPD - PCR...................................................................................................... 40
4.3.3.
Thí nghiệm 3: Khảo sát ảnh hưởng của các yếu tố MgCl2, dNTP
và
primer lên phản ứng RAPD – PCR......................................................... 40
4.3.4. Đánh giá mức độ đa
dạng di truyền của quần thể điều hiện được trồng
tại tỉnh Ninh Thuận với primer 11.............................................................. 41
4.3.5. Một vài điểm lưu ý khi thực hiện kỹ thuật RAPD......................................
51
4.4. Kết quả bước đầu của việc sử dụng kỹ thuật
AFLP trong nghiên cứu
tính đa hình của một số mẫu.................................................................................. 51
4.4.1. Kết quả phản ứng cắt và gắn.......................................................................... 52
4.4.2. Kết quả khuếch đại tiền chọn lọc.................................................................. 53
4.4.3. Kết quả khuếch đại chọn lọc......................................................................... 53
CHƯƠNG
V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ.................................................................... 55
CHƯƠNG
VI: TÀI LIỆU THAM KHẢO................................................................... 56
Địa chỉ download tài liệu:http://www.mediafire.com/file/0ru3fnt8vwa4sf8/PHAM_VAN_BINH.rar
CHƯƠNG
I: GIỚI THIỆU............................................................................................ 1
1.1.
Đặt vấn đề................................................................................................................ 1
1.2.
Mục tiêu và yêu cầu............................................................................................... 2
1.2.1.
Mục tiêu............................................................................................................. 2
1.2.2.
Yêu cầu ............................................................................................................. 2
1.3.
Giới hạn khóa luận ................................................................................................ 2
CHƯƠNG
II: TỔNG QUAN TÀI LIỆU..................................................................... 3
2.1.
Giới thiệu về cây điều ........................................................................................... 3
2.1.1.
Nguồn gốc ........................................................................................................ 3
2.1.2.
Đặc điểm hình thái........................................................................................... 4
2.1.2.1.
Thân và cành............................................................................................... 4
2.1.2.2.
Rễ ................................................................................................................. 4
2.1.2.3.
Lá và tán lá ................................................................................................. 4
2.1.2.4.
Hoa............................................................................................................... 4
2.1.2.5.
Hạt và quả điều .......................................................................................... 6
2.1.3.
Đặc điểm sinh thái .......................................................................................... 6
2.1.3.1.
Điều kiện khí hậu ...................................................................................... 6
2.1.3.2.
Điều kiện đất đai ....................................................................................... 8
2.1.4.
Sự phân bố ........................................................................................................ 9
2.1.4.1.
Vùng trồng điều ưu tiên I ......................................................................... 9
2.1.4.2.
Vùng trồng điều ưu tiên II ........................................................................ 9
2.1.4.3.
Vùng trồng điều ưu tiên III ...................................................................... 9
2.1.5.
Đa dạng sinh học cây điều ............................................................................. 9
2.1.5.1.
Xét về hình dạng cây ................................................................................ 10
2.1.5.2.
Xét về màu sắc lá ...................................................................................... 10
2.1.5.3.
Xét về hoa .................................................................................................. 10
2.1.5.4.
Xét về trái ................................................................................................... 10
2.1.5.5.
Xét về hạt và năng suất hạt ...................................................................... 11
2.2.
Các phương pháp nghiên cứu tính đa dạng di truyền ....................................... 11
2.2.1.
Thông tin di truyền .......................................................................................... 11
2.2.2.
Phương pháp chiết tách DNA ........................................................................ 12
2.2.3.
Các marker phân tử dùng trong nghiên cứu đa dạng di truyền ................ 13
2.2.3.1.
RFLP............................................................................................................. 13
2.2.3.2.
PCR .............................................................................................................. 14
2.2.3.3.
SSCP ............................................................................................................ 16
2.2.3.4.
Microsatellite ............................................................................................. 17
2.2.3.5.
RAPD .......................................................................................................... 18
2.2.3.6.
AFLP ........................................................................................................... 19
2.3.
Các nghiên cứu trong và ngoài nước................................................................... 24
2.3.1.
Các nghiên cứu ngoài nước............................................................................. 24
2.3.2.
Các nghiên cứu trong nước............................................................................. 24
CHƯƠNG
III: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................ 25
3.1.
Thời gian và địa điểm ........................................................................................... 25
3.1.1.
Thời gian ........................................................................................................... 25
3.1.2.
Địa điểm ........................................................................................................... 25
3.2.Vật
liệu ..................................................................................................................... 25
3.2.1.
Các mẫu điều thí nghiệm ................................................................................ 25
3.2.2.
Hóa chất thí nghiệm ........................................................................................ 25
3.2.2.1.
Hóa chất dùng trong ly trích DNA........................................................... 25
3.2.2.2.
Hóa chất dùng trong kiểm tra định lượng DNA..................................... 26
3.2.2.3.
Hóa chất dùng để chạy RAPD ................................................................. 26
3.2.2.4.
Hóa chất dùng trong điện di và đọc kết quả .......................................... 26
3.2.2.5.
Hóa chất dùng để chạy AFLP .................................................................. 26
3.2.2.6.
Hóa chất dùng để đọc kết quả AFLP ...................................................... 26
3.2.3.
Trang thiết bị thí nghiệm ................................................................................ 26
3.3.
Phương pháp nghiên cứu ...................................................................................... 27
3.3.1.
Phương pháp ly trích DNA ............................................................................. 27
3.3.1.1.
Quy trình ly trích ....................................................................................... 27
3.3.1.2.
Định tính DNA bằng phương pháp điện di ............................................ 27
3.3.1.3.
Định lượng DNA bằng quang phổ kế ..................................................... 28
3.3.2.
Chạy RAPD ...................................................................................................... 29
3.3.2.1.
Primer .......................................................................................................... 29
3.3.2.2.
Bố trí thí nghiệm ........................................................................................ 29
3.3.3.
Chạy AFLP ....................................................................................................... 33
3.3.3.1.
Cắt thử DNA (300 ng) và chạy kiểm tra trên gel agarose 1,5% .......... 33
3.3.3.2.
Chuẩn bị hỗn hợp enzyme ....................................................................... 33
3.3.3.3.
Thực hiện phản ứng cắt và gắn ................................................................ 33
3.3.3.4. Nhân bản tiền chọn lọc ............................................................................ 34
3.3.3.5. Nhân bản chọn lọc .................................................................................... 34
3.3.4.
Phân tích kết quả bằng phần mềm NTSYS .................................................. 35
CHƯƠNG IV:
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ............................................................ 36
4.1.
Thu thập mẫu tại các vùng trồng điều thuộc tỉnh Ninh Thuận........................ 36
4.2.
Hoàn thiện quy trình ly trích DNA ...................................................................... 36
4.3.
Xác định quy trình RAPD – PCR và đánh giá mức độ đa dạng di truyền
của
quần thể điều hiện được trồng tại tỉnh Ninh Thuận.................................... 39
4.3.1. Thí nghiệm 1: Khảo sát quy trình RAPD – PCR
của Samal
và ctv (2003)............................................................................... 39
4.3.2. Thí nghiệm 2: Khảo sát ảnh hưởng của yếu tố chu kỳ đến phản
ứng
RAPD - PCR...................................................................................................... 40
4.3.3.
Thí nghiệm 3: Khảo sát ảnh hưởng của các yếu tố MgCl2, dNTP
và
primer lên phản ứng RAPD – PCR......................................................... 40
4.3.4. Đánh giá mức độ đa
dạng di truyền của quần thể điều hiện được trồng
tại tỉnh Ninh Thuận với primer 11.............................................................. 41
4.3.5. Một vài điểm lưu ý khi thực hiện kỹ thuật RAPD......................................
51
4.4. Kết quả bước đầu của việc sử dụng kỹ thuật
AFLP trong nghiên cứu
tính đa hình của một số mẫu.................................................................................. 51
4.4.1. Kết quả phản ứng cắt và gắn.......................................................................... 52
4.4.2. Kết quả khuếch đại tiền chọn lọc.................................................................. 53
4.4.3. Kết quả khuếch đại chọn lọc......................................................................... 53
CHƯƠNG
V: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ.................................................................... 55
CHƯƠNG
VI: TÀI LIỆU THAM KHẢO................................................................... 56
Địa chỉ download tài liệu:http://www.mediafire.com/file/0ru3fnt8vwa4sf8/PHAM_VAN_BINH.rar