Mục lục:
Phần 1. LỜI MỞ ĐẦU .................................................................................................. 1
Phần 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ................................................................................ 4
2.1. SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU .......................................................................... 4
2.1.1. Định nghĩa .................................................................................................... 4
2.1.2. Hệ quản trị CSDL ......................................................................................... 4
2.1.3. Các mô hình dữ liệu ...................................................................................... 5
2.1.3.1. Định nghĩa ........................................................................................ 5
2.1.3.2. So sánh các mô hình dữ liệu………………………………………..5
2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB .................... 6
2.2.1. Perl ................................................................................................................ 6
2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển .................................................................. 6
2.2.1.2. Ứng dụng .......................................................................................... 7
2.2.1.3. Một số module của Perl thƣờng đƣợc sử dụng ................................. 7
2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet ......................................................................... 8
2.2.2.1. Tóm lƣợc lịch sử phát triển ............................................................... 8
2.2.2.2. Một số khái niệm .............................................................................. 9
2.2.3. Web ............................................................................................................... 9
2.2.3.1. Tóm lƣợt lịch sử phát triển ............................................................... 9
2.2.3.2. Tích hợp CSDL với web dùng CGI ................................................ 10
2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC ........................................................................... 11
2.3.1. NCBI ........................................................................................................... 11
2.3.1.1. Vài nét về NCBI ............................................................................. 11
2.3.1.2. Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI.................................................... 11
2.3.1.3. Một số công cụ trong NCBI ............................................................ 12
2.3.2. EBI .............................................................................................................. 13
2.3.2.1. Vài nét về EBI ................................................................................. 13
2.3.2.2. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI ....................................................... 13
2.3.2.3. Một số công cụ hỗ trợ phân tích trình tự sinh học .......................... 14
2.3.3. SIB ............................................................................................................. 15
2.3.4. DDJB và PDBj ............................................................................................ 15
2.4. VIRUS CAULIMOVIRIDAE VÀ CLOSTEROVIRIDAE ................................... 18
2.4.1. CAULIMOVIRIDAE ................................................................................... 19
2.4.1.1. Khái quát .......................................................................................... 19
2.4.1.2. Cấu tạo ............................................................................................. 20
2.4.1.3. Đặc tính sinh học ............................................................................. 20
2.4.1.4. Cơ chế xâm nhiễm và sao mã trong tế bào ký chủ .......................... 20
2.4.2. CLOSTEROVIRIDAE ................................................................................. 21
2.4.2.1. Khái quát .......................................................................................... 21
2.4.2.2. Cấu tạo ............................................................................................. 21
2.4.2.3. Cơ chế xâm nhiễm và sao mã trong tế bào ký chủ .......................... 22
2.5. Gene Hsp-70 và Reverse transcriptase-RNaseH ................................................ 23
2.5.1. Gene Reverse transciptase-RNaseH ........................................................... 23
2.5.2.1. Vị trí gene RT-RNaseH nằm trong genome .................................... 23
2.5.2.2. Chức năng của protein ..................................................................... 23
2.5.2. Gene hsp-70 ................................................................................................ 24
2.5.1.1. Vị trí gene hsp-70 nằm trong genome ............................................. 24
2.5.1.2. Chức năng ........................................................................................ 24
PHẦN 3. PHƢƠNG PHÁP VÀ CHƢƠNG TRÌNH SỬ DỤNG ............................. 25
3.1. Các chƣơng trình và ngôn ngữ lập trình đƣợc sử dụng...................................... 25
3.1.1. Hệ điều hành ............................................................................................... 25
3.1.2. Các chƣơng trình phân tích trình tự ........................................................... 25
3.1.2.1. Chƣơng trình so sánh trình tự ClustalW .......................................... 25
3.1.2.2. Chƣơng trình tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng – BLAST ............. 25
3.1.2.3. Hệ quả trị CSDL quan hệ MySQL .................................................. 26
3.1.2.4. Apache web Server .......................................................................... 27
3.1.2.5. Ngôn ngữ lập trình Perl và các gói sử dụng .................................... 27
3.2. Phƣơng pháp ....................................................................................................... 28
3.2.1. Thu nhận trình tự ........................................................................................ 28
3.2.2. Xác định gene và protein trong bộ gene virus ............................................ 29
3.2.3. Thiết kế CSDL trình tự gene và protein hsp-70 và RT-RNaseH ................ 32
3.2.3.1. Phân tích dữ liệu .............................................................................. 32
3.2.3.2. Thiết kế CSDL dạng bảng ............................................................... 34
3.2.3.3. Lƣu trữ các thông tin vào CSDL ..................................................... 35
3.2.4. Tích hợp CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH với trang Web .................... 37
Phần 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ....................................................................... 39
4.1. Kết quả thu nhận trình tự của hai họ Closteroviridae và Caulimoviridae .......... 39
4.2. Kết quả thu nhận trình tự hai gene hsp-70 và Reverse transcriptase-RNaseH ... 41
4.3. CSDL trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH ........................................................ 42
4.4. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH ..................... 46
4.4.1. Trang thông tin chung về CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH .................... 47
4.4.2. Trang tìm kiếm ............................................................................................ 47
4.4.3. Trang công cụ .............................................................................................. 49
4.4.4. Trang cây phân loài ..................................................................................... 52
4.4.4.1. Trang Caulimoviridae ..................................................................... 52
4.4.4.2. Trang Closteroviridae ..................................................................... 54
4.4.5. Trang liên kết ............................................................................................... 54
4.4.6. Trang thông tin về bộ môn công nghệ sinh học .......................................... 54
PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ......................................................................... 55
4.1. KẾT LUẬN ........................................................................................................ 55
4.2. ĐỀ NGHỊ ........................................................................................................... 55
PHẦN 6. TÀI LIỆU THAM KHẢO .......................................................................... 57
PHỤ LỤC ..................................................................................................................... 59
Địa chỉ download tài liệu: [You must be registered and logged in to see this link.]
Phần 1. LỜI MỞ ĐẦU .................................................................................................. 1
Phần 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ................................................................................ 4
2.1. SƠ LƢỢC VỀ CƠ SỞ DỮ LIỆU .......................................................................... 4
2.1.1. Định nghĩa .................................................................................................... 4
2.1.2. Hệ quản trị CSDL ......................................................................................... 4
2.1.3. Các mô hình dữ liệu ...................................................................................... 5
2.1.3.1. Định nghĩa ........................................................................................ 5
2.1.3.2. So sánh các mô hình dữ liệu………………………………………..5
2.2. NGÔN NGỮ LẬP TRÌNH PERL, MẠNG INTERNET VÀ WEB .................... 6
2.2.1. Perl ................................................................................................................ 6
2.2.1.1. Tóm tắt lịch sử phát triển .................................................................. 6
2.2.1.2. Ứng dụng .......................................................................................... 7
2.2.1.3. Một số module của Perl thƣờng đƣợc sử dụng ................................. 7
2.2.2. Giới thiệu về mạng Internet ......................................................................... 8
2.2.2.1. Tóm lƣợc lịch sử phát triển ............................................................... 8
2.2.2.2. Một số khái niệm .............................................................................. 9
2.2.3. Web ............................................................................................................... 9
2.2.3.1. Tóm lƣợt lịch sử phát triển ............................................................... 9
2.2.3.2. Tích hợp CSDL với web dùng CGI ................................................ 10
2.3. CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC ........................................................................... 11
2.3.1. NCBI ........................................................................................................... 11
2.3.1.1. Vài nét về NCBI ............................................................................. 11
2.3.1.2. Một số cơ sở dữ liệu trong NCBI.................................................... 11
2.3.1.3. Một số công cụ trong NCBI ............................................................ 12
2.3.2. EBI .............................................................................................................. 13
2.3.2.1. Vài nét về EBI ................................................................................. 13
2.3.2.2. Một số cơ sở dữ liệu trong EBI ....................................................... 13
2.3.2.3. Một số công cụ hỗ trợ phân tích trình tự sinh học .......................... 14
2.3.3. SIB ............................................................................................................. 15
2.3.4. DDJB và PDBj ............................................................................................ 15
2.4. VIRUS CAULIMOVIRIDAE VÀ CLOSTEROVIRIDAE ................................... 18
2.4.1. CAULIMOVIRIDAE ................................................................................... 19
2.4.1.1. Khái quát .......................................................................................... 19
2.4.1.2. Cấu tạo ............................................................................................. 20
2.4.1.3. Đặc tính sinh học ............................................................................. 20
2.4.1.4. Cơ chế xâm nhiễm và sao mã trong tế bào ký chủ .......................... 20
2.4.2. CLOSTEROVIRIDAE ................................................................................. 21
2.4.2.1. Khái quát .......................................................................................... 21
2.4.2.2. Cấu tạo ............................................................................................. 21
2.4.2.3. Cơ chế xâm nhiễm và sao mã trong tế bào ký chủ .......................... 22
2.5. Gene Hsp-70 và Reverse transcriptase-RNaseH ................................................ 23
2.5.1. Gene Reverse transciptase-RNaseH ........................................................... 23
2.5.2.1. Vị trí gene RT-RNaseH nằm trong genome .................................... 23
2.5.2.2. Chức năng của protein ..................................................................... 23
2.5.2. Gene hsp-70 ................................................................................................ 24
2.5.1.1. Vị trí gene hsp-70 nằm trong genome ............................................. 24
2.5.1.2. Chức năng ........................................................................................ 24
PHẦN 3. PHƢƠNG PHÁP VÀ CHƢƠNG TRÌNH SỬ DỤNG ............................. 25
3.1. Các chƣơng trình và ngôn ngữ lập trình đƣợc sử dụng...................................... 25
3.1.1. Hệ điều hành ............................................................................................... 25
3.1.2. Các chƣơng trình phân tích trình tự ........................................................... 25
3.1.2.1. Chƣơng trình so sánh trình tự ClustalW .......................................... 25
3.1.2.2. Chƣơng trình tìm kiếm các trình tự tƣơng đồng – BLAST ............. 25
3.1.2.3. Hệ quả trị CSDL quan hệ MySQL .................................................. 26
3.1.2.4. Apache web Server .......................................................................... 27
3.1.2.5. Ngôn ngữ lập trình Perl và các gói sử dụng .................................... 27
3.2. Phƣơng pháp ....................................................................................................... 28
3.2.1. Thu nhận trình tự ........................................................................................ 28
3.2.2. Xác định gene và protein trong bộ gene virus ............................................ 29
3.2.3. Thiết kế CSDL trình tự gene và protein hsp-70 và RT-RNaseH ................ 32
3.2.3.1. Phân tích dữ liệu .............................................................................. 32
3.2.3.2. Thiết kế CSDL dạng bảng ............................................................... 34
3.2.3.3. Lƣu trữ các thông tin vào CSDL ..................................................... 35
3.2.4. Tích hợp CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH với trang Web .................... 37
Phần 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ....................................................................... 39
4.1. Kết quả thu nhận trình tự của hai họ Closteroviridae và Caulimoviridae .......... 39
4.2. Kết quả thu nhận trình tự hai gene hsp-70 và Reverse transcriptase-RNaseH ... 41
4.3. CSDL trình tự gene hsp-70 và RT-RNaseH ........................................................ 42
4.4. Trang web thể hiện thông tin CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH ..................... 46
4.4.1. Trang thông tin chung về CSDL gene hsp-70 và RT-RNaseH .................... 47
4.4.2. Trang tìm kiếm ............................................................................................ 47
4.4.3. Trang công cụ .............................................................................................. 49
4.4.4. Trang cây phân loài ..................................................................................... 52
4.4.4.1. Trang Caulimoviridae ..................................................................... 52
4.4.4.2. Trang Closteroviridae ..................................................................... 54
4.4.5. Trang liên kết ............................................................................................... 54
4.4.6. Trang thông tin về bộ môn công nghệ sinh học .......................................... 54
PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ ......................................................................... 55
4.1. KẾT LUẬN ........................................................................................................ 55
4.2. ĐỀ NGHỊ ........................................................................................................... 55
PHẦN 6. TÀI LIỆU THAM KHẢO .......................................................................... 57
PHỤ LỤC ..................................................................................................................... 59
Địa chỉ download tài liệu: [You must be registered and logged in to see this link.]